北京持续低迷的二手房市场，让房屋买卖双方更加焦虑，市场人士认为个税新政并不能起到抑制投资投机需求，反而误伤刚需，造成供需矛盾加剧。
事实上，早在2006年7月，《国家税务总局关于个人住房转让所得征收个人所得税有关问题的通知》(国税发〔2006〕108号)正式下发后，二手房交易（二手房/ ）征税20%的规定一直存在。但是几乎所有城市都是按照不能提供房屋原值的情况进行处理的。这样操作可以减轻二手房购房者所承担的税负。实际上，在二手房交易中，买房者一直处于弱势地位。
伟业我爱我家集团副总裁胡景晖表示，面对20%的个税税率，任何试图从二手房交易过程中获利的交易者都在力图规避。比如，2008年8月份北京望京地区的二手房价格为8000多元/平方米，而现在的单价则攀升到万元。如果一个业主在2008年最低点以80万总价购入，那么201年则升值到了00万元。按照所得部分抵扣装修成本和贷款利息后的20%来计算，则可能缴纳近50万元的税款。胡景晖反问：“谁愿意去缴这么多的税？”（问答 / ）
尽管国家期待新“国五条”按照20%征收个税能够对二手房交易发挥打击短期投资、投机行为的作用，但从其实际执行效果不难看出，政策初衷并未实现，且在一定范围内呈现了政策效果与初衷相悖的结果。
以北京在二手房交易中实际征收20%个税的实例看，税负几乎全部转嫁给购房者。“可见，这是决策层没有预料到的情况。控制房价开错药方。”中国房地产及住宅研究会副会长顾云昌表示。正是因为对征收20%个税有推高房价的担忧，加之地方政府担心政策影响房地产成交量，因此，多地政府在出台新“国五条”细则时有意淡化了20%个税内容。
上海财经大学公共管理学院教授胡怡建认为，控制房价不能通过简单地增加购房成本来实现。造成房价上涨的因素很多，主要原因是货币流动过剩，以及土地、税收以及开发成本上升。调控政策应该侧重于遏制通胀、打破土地垄断、增加供应方面，这样才能有效控制房价的上涨。
上海新金融研究院学术委员李迅雷也认为，对房产交易征收20%的所得税不妥。在房产交易环节应减免税，一可降低交易成本从而降房价，二可盘活存量市场，而在房产保有环节应征房产税，起征点略高些，累进征税，严打“房叔”。如今的政策恰好反了。
不少业内人士指出，交易环节税收增加，对政府最有利，而开发商、买卖双方、中介都增加了成本。若确定是投机炒作行为导致房价居高不下，税收便可以也应该对症，让投机者有更高的交易成本，而非一环扣一环的向买房者转移，迫使很多真正需要买房的人都开始放弃买房的念头。
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